La gestion journalière est prise en charge par un directeur, assisté par un scientific manager. Le directeur est mandaté par l'ONDRAF, le scientific manager l'est par le SCK.CEN. Ce dernier est responsable des aspects scientifiques des travaux du GIE EURIDICE. Ensemble, ils dirigent une équipe (l'équipe d'EURIDICE) se composant de personnel provenant des deux membres du GIE. De plus, le GIE peut faire appel à une série d'experts de ces deux membres dans le cadre de missions ponctuelles. Le comité de concertation et de communication, dont le directeur assure la présidence, détermine et exécute la politique de communication du GIE EURIDICE.